Nel dicembre 1816 i regni di Napoli e di Sicilia vengono unificati per legge e colui che era stato Ferdinando IV di Napoli e Ferdinando III di Sicilia diventa Ferdinando I delle Due Sicilie. Gli ultimi anni del suo regno sono caratterizzati da moti carbonari e antiborbonici, che culminano nell'estate del 1820 e verranno subito repressi molto duramente.

Alla città di Bari il re concede la costruzione del nuovo Borgo fuori dalle mura e finanzia istituzioni importanti come il Liceo Reale delle Puglie, la Reale Società Economia e acconsente alla creazione di un Tribunale di Commercio.

Ferdinando I muore il 4 gennaio del 1825 a Napoli.